SkewDB: an open database of GC and other microbial skews - Bert Hubert's writings
a day ago
- SkewDB是一个开放、可下载的数据库，包含来自NCBI的28000个细菌染色体的GC偏斜和其他十几种偏斜数据。
- 该数据库使用开源Antonie DNA软件创建，并包含一个带有图表的在线查看器。
- GC偏斜是指前导复制链倾向于有过多的G核苷酸，而滞后链倾向于有过多的C核苷酸，这种现象于1996年首次描述，但尚未完全解释。
- 该数据库可以帮助生成和证伪假说，检测错误组装或多染色体基因组，并揭示如不对称GC偏斜等异常模式。
- 值得注意的发现包括一些细菌中的不对称GC偏斜、将基因方向与偏斜联系起来的链偏斜假说，以及前导链和滞后链长度的巨大差异。
- SkewDB还提供了各种子偏斜（例如，基因内部、密码子位置）和链偏斜数据，按染色体和4096个核苷酸为基础进行总结。