SimpleFold: Folding Proteins Is Simpler Than You Think
5 months ago
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- SimpleFold是一个基于流匹配的蛋白质折叠模型，使用通用Transformer层构建。
- 它不依赖三角注意力或配对表示偏置等昂贵模块。
- 在超过860万蒸馏蛋白质结构和实验PDB数据上训练完成。
- 参数量级达30亿，是迄今为止最大的蛋白质折叠模型。
- 在标准折叠基准测试中展现出竞争力表现。
- 因其生成式训练目标，在集成预测中表现出强大性能。
- 对蛋白质结构预测中依赖复杂领域专用架构的传统提出挑战。
- 提供PyTorch和MLX后端的安装指南。
- 包含从序列预测蛋白质结构的Jupyter notebook教程。
- 提供多种参数量级（1亿至30亿）的预训练模型。
- 配备折叠任务和双态预测的评估脚本。
- 包含训练指导和数据集处理细节说明。
- 代码和模型附有特定许可协议，建议用户仔细查阅。